Mongodb atualiza o elemento específico do subarray

O problema no seu código é dot-notation porque Ao especificar a notação de ponto, você assume que os critérios de filtro especificados devem corresponder ao único elemento da matriz que satisfaça todos os critérios. Mas não. A notação de ponto em arrays pode pegar qualquer elemento de array se algum critério único corresponder. É por isso que você está recebendo a atualização inesperada.

Você precisa usar $elemMatch para corresponder a todos os filtros no array elemento.

db.coll.update({
'_id' : 28,
n: { 
   $elemMatch:{
       a : new ObjectId('4ef85a3e46b3b84408000000'),
       c : 28 }
   }
},
{
  $push : {
     'n.$.p' : ObjectId("4b97e62bf1d8c7152c9ccb74")
  },
  $set : {
     'n.$.t' : ISODate("2013-05-13T14:22:46.777Z")
  }
})

e a saída é

    {
        "a" : ObjectId("4ef85a3e46b3b84408000000"),
        "c" : 28,
        "p" : [
            ObjectId("4f00631046b3b85002000000"),
            ObjectId("4b97e62bf1d8c7152c9ccb74")
        ],
        "t" : ISODate("2013-05-13T14:22:46.777Z"),
        "u" : 26
    }