Aqui está como você faz isso usando a estrutura de agregação (você precisa usar o recém-lançado 2.2).
db.stories.aggregate(
[
{
"$unwind" : "$tags"
},
{
"$group" : {
"_id" : "$tags.tagname",
"total" : {
"$sum" : 1
}
}
},
{
"$sort" : {
"total" : -1
}
}
])
Seu resultado ficará assim:
{
"result" : [
{
"_id" : "fairytale",
"total" : 3
},
{
"_id" : "funny",
"total" : 2
},
{
"_id" : "silly",
"total" : 1
},
{
"_id" : "fox",
"total" : 1
}
],
"ok" : 1
}