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Como consultar todos os subdocumentos


Aqui está como você faz isso usando a estrutura de agregação (você precisa usar o recém-lançado 2.2).
db.stories.aggregate(
[
    {
        "$unwind" : "$tags"
    },
    {
        "$group" : {
            "_id" : "$tags.tagname",
            "total" : {
                "$sum" : 1
            }
        }
    },
    {
        "$sort" : {
            "total" : -1
        }
    }
])

Seu resultado ficará assim:
{
    "result" : [
        {
            "_id" : "fairytale",
            "total" : 3
        },
        {
            "_id" : "funny",
            "total" : 2
        },
        {
            "_id" : "silly",
            "total" : 1
        },
        {
            "_id" : "fox",
            "total" : 1
        }
    ],
    "ok" : 1
}