Você pode criar o seguinte índice:
db.posts.ensureIndex({"comments.author" : 1})
Isso indexará apenas o campo de autor dos documentos incorporados. Observe que o índice será usado para
db.posts.find( { "comments.author" : "julie" } )
Assim como
db.posts.find( { comments: {$elemMatch: {author : "julie" }}} )
