db.collection('articles')
.find( {"_id.$oid": id} )
.
ou ainda mais específico:
db.collection('articles')
.findOne( {"_id.$oid": id} )
.
EDITAR:
Conversão de string em tipo ObjectId antes de consultar
var ObjectID = require('mongodb').ObjectID;
db.collection('articles')
.findOne( {"_id.$oid": new ObjectID(id)})
.
Referência:Se eu tiver um ID de documento mongo como uma string, como faço para consultá-lo como um _id?