Subdocumento de atualização do driver Java do MongoDB

Se esta for a atualização definida no mongodb:

 {$set: 
        { "numberOfDownloads" : "453", 
          "documents" : 
                { "downloads" : "453"}
        }
 }

Você pode usar a classe Document desta maneira:

Document upDocValue = new Document("numberOfDownloads": "453")
                      .append("documents.downloads":"453");

Isso lhe dará:

{
  "numberOfDownloads": "453",
  "documents" : 
    { "downloads" : "453"}
}

Então você pode criar o documento externo com:

Document upDocSet = new Document("$set",updDocValue);

Isso deve lhe dar:

{$set: 
      { "numberOfDownloads" : "453", 
            "documents" : 
                  { "downloads" : "453"}
      }
}

Então você executa sua consulta aqui:

collection.updateOne(upDocQuery,upDocSet);

Então você eventualmente tem:

Document updDocQuery = new Document("_id", "9999996978c9df5b02999999");

Document upDocValue = new Document("numberOfDownloads": "453")
                          .append("documents.downloads":"453");

Document upDocSet = new Document("$set",updDocValue);

collection.updateOne(upDocQuery,upDocSet);