Basta declarar a função javascript nativa que pode comparar dois objetos da maneira que você precisa e, em seguida, escrever um código como este:
obj1 = db.test.findOne({"_id" : ObjectId("5176f80981f1e2878e840888")})
obj2 = db.test.findOne({"_id" : ObjectId("5176f82081f1e2878e840889")})
difference(obj1, obj2)
Algumas funções de diferença javascript nativas podem ser encontradas aqui ou aqui
P.S. Você também pode carregar algumas libs js de terceiros do shell assim:
load("D:\difference.js")
Espero que esta ajuda.
