Encontrou o problema.
Desde que defini meu banco de dados no meu arquivo lib.js
users = new Meteor.collection("users"); Não preciso colocar um db na frente do
db.users.update({_id : "Jack"},{...}) . Também preciso encontrar o documento usando o mongo _id fornecido , não o identificador "username" . então o código apropriado seria
users.update({_id : "Jack"},{$set:{age : 13, username : "Jack"}});
