Você deve carregar a pergunta (como no código acima) e usar linq ou foreach para obter o item de resposta com o _id especificado. Então o código ficará assim:
List<Question> list = new List<Question>();
MongoServer _server = MongoServer.Create("mongodb://localhost");
MongoDatabase _database = _server.GetDatabase("test");
var query = Query.And(Query.EQ("AnswerChoices._id", new ObjectId("4d6d336ae0f84c23bc1fae00")));
MongoCollection<Question> collection = _database.GetCollection<Question>("Question");
MongoCursor<Question> cursor = collection.Find(query);
var id = new ObjectId("4d6d336ae0f84c23bc1fae00");
foreach (var q in cursor)
{
var answerChoice = q.AnswerChoices.Single(x=> x.AnswerChoiceId == id);
list.Add(q);
}
Também sugiro que, em vez de Find, use o método FindOne (porque suponho que você tenha certeza de que existe apenas uma resposta com o _id especificado acima).
