Ok, encontrei a solução para obter a string base64 em um formato GUID dentro do nó, para convertê-lo, isso precisa ser feito:
var mongo.require('mongodb');
var GUID = new mongo.Binary(new Buffer(<base65String>, 'base64'), 3);
e agora posso consultar o banco de dados assim:
collection.findOne({'_id' : GUID}, function(err, item) {
res.send(item);
});