Indo pela sua exceção, a área do problema está dentro de onde você está fazendo
Where declarações. Como eu disse no meu comentário. Tente fazer:
var v = collection.AsQueryable<Company>().Where(cpy => cpy.Dealers.Any(dlr => dlr.Stores.Count == 1));
Você está fazendo algo como:
var dealers = collection.AsQueryable<Company>().Select(cpy => cpy.Dealers);
var dealersWithStores = dealers.Where(dealer => dealer.Stores.Count == 1);
Você está verificando se há
any revendedores com lojas ligando para count e verificando se é mais que 0 para obter seu bool no onde. Tudo isso é o mesmo que chamar IEnumerable.Any() . Veja se isso funciona? :) 
