Depende do tipo de dados da sua variável de cidade. Se a variável city for do tipo BsonValue você pode usar o ?? operador diretamente:
BsonValue city = null;
var query = Query.EQ("city", city ?? BsonNull.Value);
Console.WriteLine(query.ToJson());
Se sua variável de cidade é do tipo string, você precisa de uma conversão extra para deixar o compilador feliz:
string city = null;
var query = Query.EQ("city", (BsonValue)city ?? BsonNull.Value);
Console.WriteLine(query.ToJson());
