Eu estaria inclinado a ficar com a filosofia do mongo e fazer entradas individuais para cada conjunto/pedaço de informação distinto, em vez de depender de referências dentro de um objeto composto estranho.

60 milhões de discos é "muito" (mas na verdade não é "uma tonelada"), e o mongodb adora ter muitas coisinhas jogadas nele. Por outro lado, você acabaria com menos objetos grandes e ocuparia o mesmo espaço.

(*usar o back-end de tigre com fio com compressão fará com que seu disco vá mais longe também).

**edit:Eu também acrescentaria que você realmente quer índices no final do dia, então esse é outro voto para essa abordagem.