Você precisa usar a notação de ponto:
foreach($horses as &$horse)
{
$newdata=array('$set'=>array('horses.odds'=> array($horses['odds'] => $price)));
$filter=array("marketId"=> $marketId);
$c->update($filter,$newdata);
}
Consulte http://www.mongodb.org/ display/DOCS/Ponto+Notação+%28Atingindo+em+Objetos%29 .
