Encontrei! Eu estava chamando GetCollection() de dentro de outro método genérico, assim:
public T Save<T>(T item) where T : class, IRepoData, new()
{
GetCollection<T>().Save(item);
}
Isso fez com que GetCollection visse T como a interface em vez da classe de instância real. GetCollection funciona bem em qualquer outro lugar.
Para qualquer outra pessoa com esse problema, usei apenas uma consulta de baixo nível como esta...
Collection.FindOneAs<T>(Query.EQ("Id", itemID.ToString())); 
