Você deve tentar envolver o valor $set entre aspas, conforme mostrado abaixo:
"versions.0.content.axdducvoxb":parseFloat(data.versions.0.content.axdducvoxb)
Resultado final:
db.documents.find().forEach(function(data) {
db.documents.update({_id:data._id},{$set:"versions.0.content.axdducvoxb":parseFloat(data.versions.0.content.axdducvoxb)}});
})
Sempre que usar essa notação de ponto, você deverá colocar a chave entre aspas, conforme mencionado em a documentação (enfase adicionada):
