Se você tiver acesso ao servidor, uma maneira de ter uma ideia sobre consultas que não usam índices é examinar o arquivo de log do mongodb.

Grep "COLLSCAN" dos logs e você entendeu. Se os índices forem usados, o plano de consulta mostrará "IXSCAN". Se tiver que verificar a coleção, mostrará "COLLSCAN". Eu encontrei algumas consultas lentas dessa maneira. Outro sintoma de consultas que não usam índices corretamente é uma carga constante de CPU alta no servidor de banco de dados.