De acordo com seus dados de coleta, você está classificando por chave com valores comuns.
Na primeira agregação de agregação que você está usando (skip,limit) => (0,4) neste caso o mongo está classificando os documentos em ordem de todos os documentos e o resultado é classificado.
Na segunda agregação você está usando novamente (skip,limit) => (4,4) neste caso o mongo está classificando os documentos de todo o documento onde os documentos podem ser duplicados enquanto têm o mesmo valor na chave.
Então, depois de classificar seus dados, você deve classificar seus dados com qualquer chave exclusiva ('_id' ou 'name') conforme desejar.
algo como abaixo
db.testing.aggregate([
{
$sort : {
"percentage": -1,
"_id" : 1
},
},
{
$skip : 0
},
{
$limit:4
}
]);
