Você PODE faça isso, você só precisa do Mongo 3.6! Em vez de redesenhar seu banco de dados, você pode usar o recurso Array Filters no Mongo 3.6, que pode ser encontrado aqui:

https://thecodebarbarian.com/a-nodejs-perspective-on-mongodb-36-array-filters

A beleza disso é que você pode vincular todas as correspondências em uma matriz a uma variável e fazer referência a essa variável posteriormente. Aqui está o principal exemplo do link acima: