Todas as operações simples no Postgres são automaticamente agrupadas em transações e todas as operações em um único documento no MongoDB são atômicas. A atomicidade não é realmente uma razão para preferir um banco de dados sobre o outro neste caso.

Embora as contagens individuais possam ficar bastante altas, se você estiver armazenando apenas contagens agregadas e não cada instância de uma contagem, o número total de registros não deve ser muito significativo. Mesmo se você estiver rastreando milhões de domínios, Mongo ou Postgres funcionarão igualmente bem.

O MongoDB é uma boa solução para registrar eventos, mas acho o Postgres preferível se você quiser fazer muitas análises relacionais interessantes nos dados analíticos que está coletando. Fazer isso com eficiência no Mongo geralmente requer um alto grau de desnormalização, então eu pensaria mais sobre como você planeja usar os dados no futuro.