Se você deseja um pool de conexões, executar seu servidor no EC2 é a opção mais adequada na AWS.

No entanto, se você ainda deseja o pool de conexões com lambda, pode criar um pool normalmente usando MongoClient.connect(uri, { poolSize: 10 }) e mantenha seu lambda aquecido usando eventos de observação na nuvem criando um gatilho fictício.

Você definitivamente verá alguma melhoria de desempenho.