Atribuir o resultado de retorno do mangusto à variável js do nó

O retorno de chamada do findOne() é assíncrono, ele é executado depois que você renderiza o jade. A execução salta para "TrackSession" antes que a variável do usuário obtenha um novo valor.

Você deve colocar o var html =... dentro do callback.

var user = null;
User.findOne({$and: [{"_id": advisorId}, {"role": "advisor"}]},{firstName:1,lastName:1, '_id':0}, function(err,userData,user) {
        user = userData;
        
        TrackSession.find({'advisor_id' : advisorId},fields,function(err, chatHistoryData) {
        var jade = require('jade');
        var html = jade.renderFile(appRoot+'/views/generatePDFHTML.jade', {'chatHistoryData': chatHistoryData,
            'selectedOptions':selectedOptions,
            'advisor':user,
            'tableHeaders':tableHeaders
        });
        console.log(html); return false;
    });
});