Se o reparo não funcionar, infelizmente você está sem sorte.

Estou presumindo que você não tenha o registro no diário ativado ou nenhum backup. Eu recomendo fortemente que você execute com o journaling ativado e siga uma das estratégias de backup descritas aqui . O instantâneo LVM é fácil de implementar, bastante rápido e confiável.

É melhor executar o MongoDB em um sistema de 64 bits também. 32 bits limita você a 2 GB de dados . Você diz que "ficou sem espaço"?