Consulta do Mongoose para documentos das últimas 24 horas, apenas um documento por hora

Usar agregação

este é um ótimo artigo para saber como agrupar seus documentos, em seguida, selecione um item por documento.

Você também precisa filtrar os documentos das últimas 24 horas e projetar para localizar e hour do carimbo de data/hora.

Sua consulta será algo assim

collection.aggregate([
  {
    "$filter": {
      "createdAt": { $gt: new Date(Date.now() - 24*60*60 * 1000) }
    }
  },
  {
    "$project": {
      "h": {"$hour" : "$createdAt"},
      "original_doc": "$$ROOT"
    }
  },
  {
    "$group": {
      "_id": { "hour": "$h" },
      "docs": { $push: "$original_doc" } 
    }
  },
  { 
    $replaceRoot: {
      newRoot: { $arrayElemAt: ["$docs", 0] }
    }
  }
])