Eu respondo tudo para mim, talvez possa ser útil para alguém.
Você não precisa salvar sua função no servidor. Suponha que eu tenha que usar uma função javascript
foo em map-reduce. Você pode seguir este exemplo: String map = "function(){"
+ "foo = function(parameters) {...here you have to write foo code...}
+ ".....now you can use foo function in your map reduce......."
Então, basta definir na função map sua função
foo e então você poderá acessá-lo dentro do seu código de redução de mapa. 
