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Usando Joda-Time para formar ISODate correto para inserção Mongo


Seu formato de string de entrada está correto, desde que se destine a representar o UTC.

Altere seu analisador para usar aquele que corresponde a este formato:
DateTimeFormatter parser = ISODateTimeFormat.dateTime();

O resto da sua pergunta não faz muito sentido para mim. Você não deve passar o parser , mas sim o valor de retorno de parseDateTime , que você não parece estar capturando.
DateTime result = parser.parseDateTime(crDt);

mongo.setCrDt(recordId, result.toDate());

Se essa última linha funcionará ou não depende do que essa função aceita.