Quando você pede uma "maneira econômica" de migrar dados, presumo que você esteja procurando tecnologias existentes que possam facilitar sua vida. Se sim, você poderia fazer o seguinte:

• Exporte seus dados do MongoDB para um arquivo de texto, digamos, no formato tsv, usando mongoexport .
• Faça upload desse arquivo em algum lugar no S3.
• Importe esses dados, no S3, para o DynamoDB usando Canal de dados da AWS .

Claro, você deve projetar e finalizar seu esquema de tabela do DynamoDB antes de fazer tudo isso.