Novamente, não sei como seu HashMultiMap vai funcionar, mas no MongoDB você basicamente armazena objetos em JSON (JSON binário aprimorado, tecnicamente falando).
Então seu documento pode ficar assim:
{
key1: [value1, value2, value3, ...],
key2: [value1, value2, value3, ...],
...
}
Se isso vai funcionar para você - ótimo.