Você precisa identificar o elemento do array a ser atualizado no segundo parâmetro para
update
usando notação de ponto assim:coll.update({'_id': mydoc['_id']}, {'$inc': {'subdocs.' + str(index) + '.n': 1}})
update
usando notação de ponto assim:coll.update({'_id': mydoc['_id']}, {'$inc': {'subdocs.' + str(index) + '.n': 1}})