Você pode armazenar o código js como uma espécie de procedimento armazenado .
Conforme este artigo você pode armazenar js como uma chamada de sistema:
db.system.js.save({_id: "sum", value: function (x, y) { return x + y; }});
então chame assim:
db.eval("return sum(2, 3);");
db.loadServerScripts();
sum(3,2)
documentação extra aqui
