Encontrei uma solução para o problema. O
new UuidCodec(UuidRepresentation.STANDARD) precisa estar na primeira posição. Meu código se parece com o seguinte: private static final CodecRegistry CODEC_REGISTRY = CodecRegistries.fromProviders(
Arrays.asList(new UuidCodecProvider(UuidRepresentation.STANDARD),
new ValueCodecProvider(),
new BsonValueCodecProvider(),
new DBRefCodecProvider(),
new DBObjectCodecProvider(),
new DocumentCodecProvider(new DocumentToDBRefTransformer()),
new IterableCodecProvider(new DocumentToDBRefTransformer()),
new MapCodecProvider(new DocumentToDBRefTransformer()),
new GeoJsonCodecProvider(),
new GridFSFileCodecProvider(),
new Jsr310CodecProvider(),
new BsonCodecProvider()));
Esse comportamento não é muito bom e possivelmente é um bug. Espero que isso ajude alguns de vocês.
