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Como posso verificar se há documentos duplicados no Mongoose?


Se você deseja obter uma lista de idênticos (exceto para o _id campo, obviamente) documentos em sua coleção, aqui está como você pode fazer isso:
collection.aggregate({
    $project: {
        "_id": 1, // keep the _id field where it is anyway
        "doc": "$$ROOT" // store the entire document in the "doc" field
    }
}, {
    $project: {
        "doc._id": 0 // remove the _id from the stored document because we do not want to compare it
    }
}, {
    $group: {
        "_id": "$doc", // group by the entire document's contents as in "compare the whole document"
        "ids": { $push: "$_id" }, // create an array of all IDs that form this group
        "count": { $sum: 1 } // count the number of documents in this group
    }
}, {
    $match: {
        "count": { $gt: 1 } // only show what's duplicated
    }
})

Como sempre com a estrutura de agregação, você pode tentar entender o que exatamente está acontecendo em cada etapa comentando todas as etapas e, em seguida, ativando tudo novamente etapa por etapa.