A ordem das propriedades de um documento não afeta a indexação.
Você pode ver isso por si mesmo executando esta consulta:
db.people.find({LName: "abc"}).explain()
e, em seguida, esta consulta:
db.people.find({LName: "jkl"}).explain()
você deverá ver que o MongoDB irá usar o índice em ambos os casos (o
cursor deve ser algo como "BtreeCursor LName_1_FName_1" ). 
