Coloque o $sort antes do $group, caso contrário o MongoDB não poderá usar o índice para ajudar na classificação.

No entanto, em sua consulta, parece que você deseja consultar um número relativamente pequeno de user_ids em comparação com o tamanho total de sua coleção group_members. Portanto, recomendo um índice apenas no user_id. Nesse caso, o MongoDB terá que classificar seus resultados na memória por last_post_at, mas isso vale a pena em troca de usar um índice para a pesquisa inicial por user_id.