Você pode usar caminhos separados por pontos em uma consulta assim:User.find({'devices.deviceRegistrationId': deviceRegistrationId}) . Se essa consulta não corresponder a nenhum documento, nenhum usuário possui esse dispositivo. Observe que o mongo é inteligente o suficiente para testar todos os membros dos devices array quando recebe uma consulta como esta. Você também pode adicionar um ID de usuário às suas condições de consulta se desejar verificar um usuário específico.