Posso confirmar que é definitivamente algo com o sistema operacional, pois atualizei e também estou enfrentando esse mesmo problema. Estou pesquisando, se eu encontrar algo te aviso!

ATUALIZAÇÃO:

Depois de fazer algumas investigações, parece que tem a ver com a dependência Go que o MongoDB usa. Atualmente o MongoDB está usando a v1.4.2. Acontece que há problemas com versões mais antigas do Go no macOS Sierra. https://github.com/golang/go/issues/16570 explica que o problema foi resolvido com a v1.7. A menos que haja uma maneira de fazer com que o MongoDB aponte para Go v1.7, não tenho certeza se isso será resolvido até que o MongoDB atualize suas dependências.

ATUALIZAÇÃO 2: Eu estava planejando registrar um bug no MongoDB relacionado ao problema até me deparar com isso... https://jira.mongodb.org/browse/TOOLS-1450 . Parece que o MongoDB 3.2.10 usará o Go v1.7 e deve corrigir os problemas que você e eu estamos vendo.