Assumindo,
var friend = { firstName: 'Harry', lastName: 'Potter' };
Existem duas opções que você tem:
Atualize o modelo na memória e salve (javascript simples array.push):
person.friends.push(friend);
person.save(done);
ou
PersonModel.update(
{ _id: person._id },
{ $push: { friends: friend } },
done
);
Eu sempre tento ir para a primeira opção quando possível, porque respeitará mais os benefícios que o mangusto lhe dá (ganchos, validação, etc.).
No entanto, se você estiver fazendo muitas gravações simultâneas, atingirá condições de corrida em que acabará com erros de versão desagradáveis para impedi-lo de substituir o modelo inteiro a cada vez e perder o amigo anterior que você adicionou. Portanto, só vá para o primeiro quando for absolutamente necessário.