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Incluir condicionalmente estágios de pipeline de agregação


O que você quer fazer é construir todo o pipeline dependendo das opções fornecidas. Afinal, é apenas uma estrutura de dados.

Você também está testando incorretamente um "array" e deve estar usando instanceof porque typeof realmente retornaria "object" e não "array" .

Além disso, você realmente quer essa condição no primeiro etapa de pipeline para selecionar os documentos de maneira ideal, além de serem adicionados após $unwind onde necessário:
var pipeline = [
  { $match: 
      Object.assign(
        { 'shop.nameSlug' : req.query.nameSlug },
        (req.query.status) 
          ? { "status.status": (req.query.status instanceof Array)
            ? { "$in": req.query.status } : req.query.status }
          : {}
      )
  },
  { $unwind: "$status" },
  ...(
    (req.query.status)
      ? [{ "$match": { 
          "status.status": (req.query.status instanceof Array)
           ? { "$in": req.query.status } : req.query.status
       }}]
      : []
    ),
    { $group: {
      _id: "$_id",
      status: { $addToSet: "$status" },
      number: { $first: "$number" },
      date: { $first: "$date" },
      comment: { $first: "$comment" }
    }}
];    


Order.aggregate(pipeline).exec(function(err, orders){

})

Dado um req objeto com algo presente em status você obtém:
// Example stucture
var req = {
  query: { 
   nameSlug: "Bill", 
   status: "A"
  },
};

// Pipeline output as:

[
    {
        "$match" : {
            "shop.nameSlug" : "Bill",
            "status.status" : "A"
        }
    },
    {
        "$unwind" : "$status"
    },
    {
        "$match" : {
            "status.status" : "A"
        }
    },
    {
        "$group" : {
            "_id" : "$_id",
            "status" : {
                "$addToSet" : "$status"
            },
            "number" : {
                "$first" : "$number"
            },
            "date" : {
                "$first" : "$date"
            },
            "comment" : {
                "$first" : "$comment"
            }
        }
    }
]

Com uma matriz:
var req = {
  query: { 
   nameSlug: "Bill", 
   status: ["A","B"]
  },
};

// Pipeline output as:
[
    {
        "$match" : {
            "shop.nameSlug" : "Bill",
            "status.status" : {
                "$in" : [ 
                    "A", 
                    "B"
                ]
            }
        }
    },
    {
        "$unwind" : "$status"
    },
    {
        "$match" : {
            "status.status" : {
                "$in" : [ 
                    "A", 
                    "B"
                ]
            }
        }
    },
    {
        "$group" : {
            "_id" : "$_id",
            "status" : {
                "$addToSet" : "$status"
            },
            "number" : {
                "$first" : "$number"
            },
            "date" : {
                "$first" : "$date"
            },
            "comment" : {
                "$first" : "$comment"
            }
        }
    }
]

E sem nada:
var req = {
  query: { 
   nameSlug: "Bill", 
   //status: ["A","B"]
  },
};

// Pipeline output as:
[
    {
        "$match" : {
            "shop.nameSlug" : "Bill"
        }
    },
    {
        "$unwind" : "$status"
    },
    {
        "$group" : {
            "_id" : "$_id",
            "status" : {
                "$addToSet" : "$status"
            },
            "number" : {
                "$first" : "$number"
            },
            "date" : {
                "$first" : "$date"
            },
            "comment" : {
                "$first" : "$comment"
            }
        }
    }
]

Assim, você pode ver onde as peças são incluídas condicionalmente, dependendo dos valores fornecidos.

Usando $filtro


Você realmente deveria estar usando $filter aqui em vez disso. É muito mais eficiente do que $unwind e você realmente não está agrupando nada. Tudo o que você realmente quer são arrays filtrados. Então isso é tudo que você adiciona condicionalmente:
var pipeline = [
  { $match: 
      Object.assign(
        { 'shop.nameSlug' : req.query.nameSlug },
        (req.query.status) 
          ? { "status.status": (req.query.status instanceof Array)
            ? { "$in": req.query.status } : req.query.status }
          : {}
      )
  },
  ...(
    (req.query.status)
      ? [{ "$addFields": { 
          "status": {
            "$filter": {
              "input": "$status",
              "cond": {
                [(req.query.status instanceof Array) ? "$in" : "$eq"]:
                  [ "$$this.status", req.query.status ]
              }
            }    
          }
       }}]
      : []
    )
];

A escolha é entre $in e $eq para o teste de comparação, dependendo do que é fornecido. Você pode opcionalmente envolver tudo em $setUnion se você "realmente quer" usar um "conjunto" no resultado. Mas geralmente parece que você simplesmente deseja "filtrar" valores da matriz.

Com as mesmas expectativas de um único valor:
var req = {
  query: { 
   nameSlug: "Bill", 
   //status: ["A","B"]
   status: "A"
  },
};

/* 1 */
[
    {
        "$match" : {
            "shop.nameSlug" : "Bill",
            "status.status" : "A"
        }
    },
    {
        "$addFields" : {
            "status" : {
                "$filter" : {
                    "input" : "$status",
                    "cond" : {
                        "$eq" : [ 
                            "$$this.status", 
                            "A"
                        ]
                    }
                }
            }
        }
    }
]

Uma matriz:
var req = {
  query: { 
   nameSlug: "Bill", 
   status: ["A","B"]
  },
};

/* 1 */
[
    {
        "$match" : {
            "shop.nameSlug" : "Bill",
            "status.status" : {
                "$in" : [ 
                    "A", 
                    "B"
                ]
            }
        }
    },
    {
        "$addFields" : {
            "status" : {
                "$filter" : {
                    "input" : "$status",
                    "cond" : {
                        "$in" : [ 
                            "$$this.status", 
                            [ 
                                "A", 
                                "B"
                            ]
                        ]
                    }
                }
            }
        }
    }
]

Ou nada:
var req = {
  query: { 
   nameSlug: "Bill", 
   //status: ["A","B"]
  },
};

/* 1 */
[
    {
        "$match" : {
            "shop.nameSlug" : "Bill"
        }
    }
]

Onde, se você não precisar filtrar, basta descartar o estágio de pipeline adicional.