Isso agora é possível na versão mais recente do driver C# mongo (desde 2.4.0).
Por exemplo, para consultar um índice que não diferencia maiúsculas de minúsculas:
IMongoCollection<SomeObject> someCollection;
var results = someCollection.Find<SomeObject>(x => x.name == someName,
new FindOptions() { Collation = new Collation("en", strength: CollationStrength.Secondary) } )
Observe que para aproveitar o poder do índice, você precisa especificar na consulta exatamente o mesmo parâmetro de agrupamento especificado ao criar o índice.