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Flask não carrega a configuração


Eu acredito que o problema pode estar no fato de que você está dando um objeto Python para app.config.from_object quando espera uma string. Dos documentos:
app = Flask(__name__)
app.config.from_object('yourapplication.default_settings')
app.config.from_envvar('YOURAPPLICATION_SETTINGS')

http://flask.pocoo.org/docs/0.10/ config/#configuring-from-files

Então, no seu caso, você pode querer fazer algo como:
app.config.from_object('your_app.config.{}'.format(config_name))

onde config_name corresponde ao objeto em seu config.py.