De database-profiling-and -fragmentação :
Consulte também mongoexport exporta apenas um fragmento de dados (embora este bug seja corrigido desde 1.9.1 e você use uma versão muito posterior)
Então tente
mongoexport diretamente do mongod instância que contém o system.profile coleção que você deseja. **UPDATE** Uma segunda abordagem é não usar o mongoexport, mas pegar a coleção diretamente do shell do mongo (já que você pode ver a coleção de dentro do shell do mongo).
Para fazer isso, primeiro escreva o script a seguir e salve-o em
print-profile.js c = db.system.profile.find();
while(c.hasNext()) {
printjson(c.next());
}
em seguida, execute a seguinte linha do shell bash:
mongo localhost:27000/mydb print-profile.js > profile.json
Aguarde um pouco e em
profile.json você terá os dados de que precisa. 
