Acabei de me deparar com esse problema e, no meu caso, os sintomas eram que tudo funcionava corretamente, até que eu reiniciei o servidor.
Então eu receberia o seguinte erro:
NodeNotFound: No host described in new configuration $id for replica set $name maps to this node
Apenas reiniciar o daemon mongodb o corrigiu, então não poderia ser um problema de configuração do conjunto de réplicas.
Depois de verificar os logs um pouco mais detalhadamente, notei a seguinte mensagem de erro:
NETWORK [replexec-0] getaddrinfo("$name.emilburzo.com") failed: Temporary failure in name resolution
-> bingo Ele estava tentando consultar o nome do host antes que a rede estivesse totalmente ativa e, portanto, o membro do conjunto de réplicas não sabia sua própria identidade
Adicionando o nome de host FQDN do servidor a
/etc/hosts
corrigiu, por exemplo:127.0.1.1 shortname shortname.fqdn.com