Eu não vi uma resposta e eu tinha a mesma pergunta hoje.
Você pode descartar o banco de dados antes com:
use <db>
db.dropDatabase()
Ou você só pode largar a coleção com:
db.<collection>.drop()
O problema com o seu comando pode ser que algo está faltando, como o banco de dados no qual você se autentica ou o usuário ou talvez outra coisa.
Na minha configuração isso funciona
mongorestore --username=<user> --db=<database> --authenticationDatabase=<database> --dir=<dumpdir> --drop
Se seu dump foi compactado antes, você pode adicionar o sinalizador --gzip no final.
Você pode encontrar tudo isso na documentação para descartar um banco de dados ou na documentação de descartar um banco de dados inteiro. Mas, por favor, seja cauteloso com isso.
