Eu realmente posso reproduzir isso. Usando um índice exclusivo para 2dsphere não é algo que eu acho que deveria ser apoiado. A resolução do índice não é alta o suficiente para ver que seus dois pontos não são os mesmos. Nossa implementação do índice S2 utiliza apenas “células” com no mínimo 500m de lado e seus pontos estão a cerca de 65 metros de distância um do outro.

Há uma apresentação fascinante em https://docs .google.com/presentation/d/1Hl4KapfAENAOf4gv-pSngKwvS_jwNVHRPZTTDzXXn6Q/view#slide=id.i0 que explica como o índice funciona.

Por enquanto, no entanto, não acho que haja uma solução para o seu problema, mas vou fazer mais algumas investigações.