De acordo com o bom manual,
createConnection()
pode ser usado para conectar-se a vários bancos de dados. No entanto, você precisa criar modelos separados para cada conexão/banco de dados:
var conn = mongoose.createConnection('mongodb://localhost/testA');
var conn2 = mongoose.createConnection('mongodb://localhost/testB');
// stored in 'testA' database
var ModelA = conn.model('Model', new mongoose.Schema({
title : { type : String, default : 'model in testA database' }
}));
// stored in 'testB' database
var ModelB = conn2.model('Model', new mongoose.Schema({
title : { type : String, default : 'model in testB database' }
}));
Tenho certeza de que você pode compartilhar o esquema entre eles, mas você precisa verificar para ter certeza.