MongoDB
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Mongoose e vários bancos de dados em um único projeto node.js


De acordo com o bom manual, createConnection() pode ser usado para conectar-se a vários bancos de dados.

No entanto, você precisa criar modelos separados para cada conexão/banco de dados:
var conn      = mongoose.createConnection('mongodb://localhost/testA');
var conn2     = mongoose.createConnection('mongodb://localhost/testB');

// stored in 'testA' database
var ModelA    = conn.model('Model', new mongoose.Schema({
  title : { type : String, default : 'model in testA database' }
}));

// stored in 'testB' database
var ModelB    = conn2.model('Model', new mongoose.Schema({
  title : { type : String, default : 'model in testB database' }
}));

Tenho certeza de que você pode compartilhar o esquema entre eles, mas você precisa verificar para ter certeza.