MapReduce é uma operação que faz um loop em vários documentos e executa uma operação. Não tenho certeza se é exatamente o que você quer, mas possivelmente você está postando uma forma mais simples do seu problema real. Em qualquer caso, o código a seguir funciona emitindo 3 vezes para seu único documento, usando o _id do documento como chave para a função de redução.
doc = {_id : 16, days : { 1 : 123, 2 : 129, 3 : 140, 4 : 56, 5 : 57, 6 : 69, 7 : 80 }};
db.so.insert(doc);
map = function() {
emit(this._id, this.days["1"]);
emit(this._id, this.days["3"]);
emit(this._id, this.days["7"]);
}
reduce = function (k, vals) {
var sum = 0;
vals.forEach(function (v) {sum += v;});
return sum;
}
res = db.so.mapReduce(map, reduce, {out : {inline : 1}});
res.find();