Eu suponho que seu problema é que apenas um documento é atualizado, certo? Se este for o caso, há outra configuração que você deve especificar no terceiro parâmetro (o parâmetro options) para o método de atualização:
multiple => true
Caso contrário, ele atualizará apenas a primeira correspondência da sua consulta. Consulte a documentação do método de atualização em:
http://de.php.net/manual/en/mongocollection.update .php
