Você precisa construir seu
$set
objeto programaticamente:var setModifier = { $set: {} };
setModifier.$set['directions.' + index + '.name'] = area.value;
Items.update(Session.get('selectedItem'), setModifier);
Atualizar
Se o seu ambiente JavaScript for compatível com nomes de propriedades computadas (por exemplo, node.js 4+), você poderá fazer isso em uma etapa:
Items.update(Session.get('selectedItem'), { $set: {
['directions.' + index + '.name']: area.value
}});