Eu não acho que isso seja possível atualmente. Acho que sua melhor aposta é usar o campo uniforme sem se referir ao índice do elemento. Todos os valores da matriz serão gravados no arquivo csv e você poderá reformatá-los corretamente após a exportação.
mongoexport --db paul --collection team --type=csv --fields _id,official_name,common_name,country,championship,uniform --out "C:\path\to\outputFile\output.csv"
