Você pode tentar abaixo da consulta de atualização na versão 3.6.
Invoice.update(
{},
{"$pull":{"attachment.$[].files":{_id:ObjectId("5b7969ac8fb15f3e5c8e844e")}}},
{"multi": true}, function (err, result) {console.log(result);
});
Use
db.adminCommand( { setFeatureCompatibilityVersion: 3.6 or 4.0 depending on your version } ) se você estiver atualizando da versão antiga. 
