Transmitir e serializar tudo de e para o cliente php provavelmente está adicionando muita sobrecarga. A execução de migrações do shell será a mais rápida. Escreva-os com uma atualização ou use um cursor com forEach para iterar e fazer chamadas para save .

Veja um exemplo de uso de cursores MongoDB atualiza vários registros de array (em direção ao fundo).

Esteja ciente do instantâneo problemas com cursores. Provavelmente deseja uma atualização idempotente ou usa o instantâneo se a coleção não for fragmentada.